Universitas Negeri Surabaya
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Program Studi S2 Kimia

Kode Dokumen

SEMESTER LEARNING PLAN

Course

KODE

Rumpun MataKuliah

Bobot Kredit

SEMESTER

Tanggal Penyusunan

Bioorganik

4710202021

Mata Kuliah Pilihan Program Studi

T=2

P=0

ECTS=4.48

3

24 Juni 2025

OTORISASI

Pengembang S.P

Koordinator Rumpun matakuliah

Koordinator Program Studi




Dr. Ratih Dewi Saputri, S.Si., M.Si.


Prof. Dr. Suyatno, M.Si


NUNIEK HERDYASTUTI

Model Pembelajaran

Project Based Learning

Program Learning Outcomes (PLO)

PLO program Studi yang dibebankan pada matakuliah

PLO-3

Mengembangkan pemikiran logis, kritis, sistematis, dan kreatif dalam melakukan pekerjaan yang spesifik di bidang keahliannya serta sesuai dengan standar kompetensi kerja bidang yang bersangkutan

PLO-5

Menguasai teori struktur dan sifat, energetika, kinetika, analisis, sintesis mikro dan makromolekul dan terapannya

PLO-7

Mengambil keputusan dalam konteks menyelesaikan masalah pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi berdasarkan kajian analisis atau eksperimental terhadap informasi dan data

Program Objectives (PO)

PO - 1

Menguasai konsep-konsep Kajian biokimia, kimia organik dan bioorganik

PO - 2

Menguasai konsep-konsep biosintesis, sintesis asam amino dan modifikasi struktur asam amino

PO - 3

Menguasai konsep-konsep biosintesis protein dan sintesis peptida secara kimia

PO - 4

Menguasai konsep-konsep proses biotransformasi dalam sintesis organik

PO - 5

Menguasai peran, biosintesis dan sintesis karbohidrat secara kimia

PO - 6

Menguasai konsep biosintesis dan sintesis asam nukeat

PO - 7

Menerapkan proses oksidasi dalam sistem biologis, peranan antioksidan dan peranan nutrisi sebagai sumber antioksidan

PO - 8

Mampu membedakan konsep mutagenitas dan karsinogenitas

PO - 9

mampu menjelaskan peran signal transduksi dalam sistem biologis

PO - 10

Mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan QSAR dan Combinatorial Chemistry

PO - 11

Mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan SBDD dan LBDD (Ligand Based Drug Design)

PO - 12

Mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan interaksi molekular reseptor-obat dengan metode docking in silico

Matrik PLO-PO
 
POPLO-3PLO-5PLO-7
PO-1 ✔ 
PO-2 ✔ 
PO-3✔  
PO-4✔  
PO-5✔  
PO-6✔  
PO-7  ✔
PO-8 ✔ 
PO-9 ✔ 
PO-10  ✔
PO-11✔  
PO-12  ✔

Matrik PO pada Kemampuan akhir tiap tahapan belajar (Sub-PO)
 
PO Minggu Ke
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
PO-1✔
PO-2✔
PO-3✔
PO-4✔
PO-5✔
PO-6✔
PO-7✔✔
PO-8✔
PO-9✔
PO-10✔✔
PO-11✔✔
PO-12✔✔

Deskripsi Singkat Mata Kuliah

Mata kuliah ini berfokus pada teori dasar dan fundamental dalam kimia bioorganik. Dasar-dasar kimia organik sangat penting sebelummemahami biokimia dan biomolekul karena setiap senyawa biologis terdiri dari molekul organik. Pengenalan mata kuliah ini meliputi (1) biosintesis, sintesis secara kimia, modifikasi asam amino, (2); sintesis senyawa organik menggunakan enzim sebagai biokatalisator; (3) Karbohidrat meliputi: struktur dan stereokimia karbohidrat, biosintesis karbohidrat, sintesis karbohidrat secara kimia; (4) Asam nukleat meliputi: struktur asam nukleat, biosintesis asam nukleat, sintesis asam nukleat secara kimia; (5) Signal transduksi meliputi: mekanisme molekular signal transduksi, signal transduksi pada siklus sel, penyakit, dan aplikasi signal transduksi pada desain obat; (6) Drug design melalui pendekatan QSAR, SBDD, LBD dan Combinatorial Chemistry; (7) Oksidasi dalam sistem biologis dan antioksidan, (8) Mutagenitas dan karsinogenitas dasar-dasar kerangka senyawa organik dan gugus fungsinya. Topik tentang struktur dasar senyawa biologis seperti protein, karbohidrat, asam nukleat dan lipid terlampir pada Matakuliah ini. Selain itu, dengan mempelajari struktur dasar senyawa biologism maka mahasiswa dapat merancang kandidat obat baru berdasarkan beberapa karakteristik umum seperti transformasi dan katalisis

Pustaka

Utama :

  1. Smith, J.G. (2010). General, Organic and Biological Chemistry. McGraw-Hill Higher Education.
  2. Denniston, K.J., Toping, J.J. and Caret, R.L. (2008). General, Organic and Biochemistry, 6th edition. McGraw-Hill Higher Education
  3. Crowe, J., Bradshaw, T. and Monk, P. (2006), Chemistry for the Biosciences: The Essential Concepts, Oxford University Press, Oxford.
  4. Horton, H.R., Moran, L.A., Scrimgeour, K.G., Perry, M.D. and Rawn J.D. (2006). Principles of Biochemistry, 4th Edition. Pearson International Edition
  5. Vranken, D.V., and Weiss, G.A., (2013). Introduction to Bioorganic Chemistry and Chemical Biology, Garland Sciences/

Pendukung :

  1. Davydova, M.K. (2022). Bioorganic chemistry and research methods of organic compounds. Part III: Carbohydrates. Amino acids. Peptides.Nucleic acids. Chromatography
  2. Koehnke, J. (2018). Cyclic peptides: from bioorganic synthesis to application. Royal Society of Chemistry
  3. Chatwal, G.K., Madhu, A. (2010). Bioorganic Chemistry, Publishing House
  4. Miller, B.L. (2009). Dynamic Combinatorial Chemistry: In Drug Discovery, Bioorganic Chemistry, and Material Sciences, Wiley

Dosen Pengampu

SUYATNO

RATIH DEWI SAPUTRI

Dr. Ratih Dewi Saputri, S.Si., M.Si.

Dr. Ratih Dewi Saputri, S.Si., M.Si.

Prof. Dr. Suyatno, M.Si.

Prof. Dr. Suyatno, M.Si.

Minggu Ke-

Kemampuan akhir tiap tahapan belajar
(Sub-PO)

Penilaian

Bantuk Pembelajaran,

Metode Pembelajaran,

Penugasan Mahasiswa,

 [ Estimasi Waktu]

Materi Pembelajaran

[ Pustaka ]

Bobot Penilaian (%)

Indikator

Kriteria & Bentuk

Luring (offline)

Daring (online)

(1)

(2)

(3)

(4)

(5)

(6)

(7)

(8)

1

Minggu ke 1

Mahasiswa mampu membedakan kajian biokimia, kimia organik dan bioorganik

Perbedaan kajian biokimia, kimia organik, dan bioorganic

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif
Daring
2x50 menit		 Materi: biokimia, kimia organik, dan bioorganic
Pustaka: Denniston, K.J., Toping, J.J. and Caret, R.L. (2008). General, Organic and Biochemistry, 6th edition. McGraw-Hill Higher Education		 0%

2

Minggu ke 2

Mahasiswa mampu menjelaskan biosintesis, sintesis asam amino dan modifikasi struktur asam amino

Mampu menguraikan biosintesis, sintesis, dan modifikasi struktur asam amino

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Tes
Daring
2x50 menit		 Materi: Biosintesis, Sintesis dan modifikasi struktur asam amino
Pustaka: Horton, H.R., Moran, L.A., Scrimgeour, K.G., Perry, M.D. and Rawn J.D. (2006). Principles of Biochemistry, 4th Edition. Pearson International Edition		 5%

3

Minggu ke 3

Mahasiswa mampu menjelaskan biosintesis protein dan sintesis peptida secara kimia

Mampu menguraikan biosintesis protein dan sintesis peptida

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif
Daring
2x50 menit		 Materi: protein dan Sintesis peptida
Pustaka: Koehnke, J. (2018). Cyclic peptides: from bioorganic synthesis to application. Royal Society of Chemistry		 5%

4

Minggu ke 4

Mahasiswa mampu menjelaskan proses biotransformasi dalam sintesis organik

Mampu mnguraikan sintesis senyawa organik menggunakan enzim

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif
Daring
2x50 menit		 Materi: sintesis senyawa organik menggunakan enzim
Pustaka: Denniston, K.J., Toping, J.J. and Caret, R.L. (2008). General, Organic and Biochemistry, 6th edition. McGraw-Hill Higher Education		 5%

5

Minggu ke 5

Mahasiswa mampu menjelaskan peran, biosintesis dan sintesis karbohidrat secara kimia

Mampu menjelaskan peran, biosintesis dan sintesis karbohidrat

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Tes		 Luring
2x50 menit
Materi: peran, biosintesis dan sintesis karbohidrat
Pustaka: Vranken, D.V., and Weiss, G.A., (2013). Introduction to Bioorganic Chemistry and Chemical Biology, Garland Sciences/
Materi: peran, biosintesis dan sintesis karbohidrat
Pustaka: Horton, H.R., Moran, L.A., Scrimgeour, K.G., Perry, M.D. and Rawn J.D. (2006). Principles of Biochemistry, 4th Edition. Pearson International Edition		 0%

6

Minggu ke 6

Mahasiswa mampu menjelaskan biosintesis dan sintesis asam nukeat

Mampu menguraikan biosintesis dan sintesis asam nukleat

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Tes		 Luring
2x50 menit
Materi: biosintesis dan sintesis asam nukleat
Pustaka: Koehnke, J. (2018). Cyclic peptides: from bioorganic synthesis to application. Royal Society of Chemistry
Materi: biosintesis dan sintesis asam nukleat
Pustaka: Horton, H.R., Moran, L.A., Scrimgeour, K.G., Perry, M.D. and Rawn J.D. (2006). Principles of Biochemistry, 4th Edition. Pearson International Edition		 5%

7

Minggu ke 7

Mahasiswa dapat menjelaskan proses oksidasi dalam sistem biologis, peranan antioksidan dan peranan nutrisi sebagai sumber antioksidan

Mampu menjelaskan proses oksidasi dalam sistem biologis dan peran antioksidan dan peranan nutrisi sebagai sumber antioksidan

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif		 Luring
2x50 menit
Materi: proses oksidasi dalam sistem biologis dan peran antioksidan dan peranan nutrisi sebagai sumber antioksidan
Pustaka: Crowe, J., Bradshaw, T. and Monk, P. (2006), Chemistry for the Biosciences: The Essential Concepts, Oxford University Press, Oxford.
Materi: proses oksidasi dalam sistem biologis dan peran antioksidan dan peranan nutrisi sebagai sumber antioksidan
Pustaka: Horton, H.R., Moran, L.A., Scrimgeour, K.G., Perry, M.D. and Rawn J.D. (2006). Principles of Biochemistry, 4th Edition. Pearson International Edition		 5%

8

Minggu ke 8

peranan antioksidan dan peranan nutrisi sebagai sumber antioksidan

Materi Pada TM 1-7

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Penilaian Portofolio
Daring
2x50 menit		 Materi: Materi Pertemuan 1-7
Pustaka: Smith, J.G. (2010). General, Organic and Biological Chemistry. McGraw-Hill Higher Education.
Materi: Materi Pertemuan 1-7
Pustaka: Chatwal, G.K., Madhu, A. (2010). Bioorganic Chemistry, Publishing House		 10%

9

Minggu ke 9

Mahasiswa mampu membedakan konsep mutagenitas dan karsinogenitas

Mampu membedakan mutagenitas dan karsinogenitas

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif
Daring
2x50 menit		 Materi: mutagenitas dan karsinogenitas
Pustaka: Smith, J.G. (2010). General, Organic and Biological Chemistry. McGraw-Hill Higher Education.		 5%

10

Minggu ke 10

Mahasiswa mampu menjelaskan peran signal transduksi dalam sistem biologis

Mampu menjelaskan peran signal transduksi

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif
Daring
2x50 menit		 Materi: peran signal transduksi
Pustaka: Vranken, D.V., and Weiss, G.A., (2013). Introduction to Bioorganic Chemistry and Chemical Biology, Garland Sciences/		 5%

11

Minggu ke 11

Mahasiswa mampu mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan QSAR dan Combinatorial Chemistry
  1. Mampu mengaplikasikan QSAR sebagai dasar drug design
  2. Mampu mengaplikasikan combinatorial chemistry dalam drug design
 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif
Daring
2x50 menit		 Materi: Drug design menggunakan pendekatan QSAR dan Combinatorial Chemistry
Pustaka: Miller, B.L. (2009). Dynamic Combinatorial Chemistry: In Drug Discovery, Bioorganic Chemistry, and Material Sciences, Wiley		 5%

12

Minggu ke 12

Mahasiswa mampu mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan QSAR dan Combinatorial Chemistry
  1. Mampu mengaplikasikan QSAR sebagai dasar drug design
  2. Mampu mengaplikasikan combinatorial chemistry dalam drug design
 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Penilaian Portofolio
Daring
2x50 menit		 Materi: Drug design menggunakan pendekatan QSAR dan Combinatorial Chemistry
Pustaka: Miller, B.L. (2009). Dynamic Combinatorial Chemistry: In Drug Discovery, Bioorganic Chemistry, and Material Sciences, Wiley
Materi: Combinatorial Chemistry
Pustaka: Davydova, M.K. (2022). Bioorganic chemistry and research methods of organic compounds. Part III: Carbohydrates. Amino acids. Peptides.Nucleic acids. Chromatography		 10%

13

Minggu ke 13

Mahasiswa mampu mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan SBDD dan LBDD (Ligand Based Drug Design)
  1. Mampu mengaplikasikan SBDD dalam drug design
  2. Mampu mengaplikasikan LBDD untuk drug design
 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Penilaian Portofolio
Daring
2x50 menit		 Materi: SBDD dan LBDD untuk drug design
Pustaka: Miller, B.L. (2009). Dynamic Combinatorial Chemistry: In Drug Discovery, Bioorganic Chemistry, and Material Sciences, Wiley		 10%

14

Minggu ke 14

Mahasiswa mampu mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan SBDD dan LBDD (Ligand Based Drug Design)
  1. Mampu mengaplikasikan SBDD dalam drug design
  2. Mampu mengaplikasikan LBDD untuk drug design
 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Penilaian Portofolio		 Luring
2x50 menti
2x50 menit		 Materi: SBDD dan LBDD untuk drug design
Pustaka: Miller, B.L. (2009). Dynamic Combinatorial Chemistry: In Drug Discovery, Bioorganic Chemistry, and Material Sciences, Wiley		 10%

15

Minggu ke 15

Mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan interaksi molekular reseptor-obat dengan metode docking in silico

Mampu melakukan docking analisis molekular reseptor obat

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Penilaian Portofolio		 Luring
2x50 menit
Materi: Mengaplikasikan konsep dasar Drug design menggunakan pendekatan interaksi molekular reseptor-obat dengan metode docking in silico
Pustaka: Miller, B.L. (2009). Dynamic Combinatorial Chemistry: In Drug Discovery, Bioorganic Chemistry, and Material Sciences, Wiley
Materi: konsep dasar Drug design
Pustaka: Chatwal, G.K., Madhu, A. (2010). Bioorganic Chemistry, Publishing House		 10%

16

Minggu ke 16

UAS

Mata Kuliah pada Pertemuan 9-15

 Kriteria:

Kesesuaian jawaban dengan rubrik penilaian masing-masing indikator


Bentuk Penilaian :
Aktifitas Partisipasif, Penilaian Portofolio, Tes
DARING
2x50 menit		 Materi: Topik Pertemuan 9-15
Pustaka: Miller, B.L. (2009). Dynamic Combinatorial Chemistry: In Drug Discovery, Bioorganic Chemistry, and Material Sciences, Wiley		 10%



Rekap Persentase Evaluasi : Project Based Learning

No Evaluasi Persentase
1. Aktifitas Partisipasif 58.33%
2. Penilaian Portofolio 33.33%
3. Tes 8.33%
99.99%

Catatan

  1. Capaian Pembelajaran Lulusan Program Studi (PLO - Program Studi) adalah kemampuan yang dimiliki oleh setiap lulusan Program Studi yang merupakan internalisasi dari sikap, penguasaan pengetahuan dan ketrampilan sesuai dengan jenjang prodinya yang diperoleh melalui proses pembelajaran.
  2. PLO yang dibebankan pada mata kuliah adalah beberapa capaian pembelajaran lulusan program studi (CPL-Program Studi) yang digunakan untuk pembentukan/pengembangan sebuah mata kuliah yang terdiri dari aspek sikap, ketrampulan umum, ketrampilan khusus dan pengetahuan.
  3. Program Objectives (PO) adalah kemampuan yang dijabarkan secara spesifik dari PLO yang dibebankan pada mata kuliah, dan bersifat spesifik terhadap bahan kajian atau materi pembelajaran mata kuliah tersebut.
  4. Sub-PO Mata kuliah (Sub-PO) adalah kemampuan yang dijabarkan secara spesifik dari PO yang dapat diukur atau diamati dan merupakan kemampuan akhir yang direncanakan pada tiap tahap pembelajaran, dan bersifat spesifik terhadap materi pembelajaran mata kuliah tersebut.
  5. Indikator penilaian kemampuan dalam proses maupun hasil belajar mahasiswa adalah pernyataan spesifik dan terukur yang mengidentifikasi kemampuan atau kinerja hasil belajar mahasiswa yang disertai bukti-bukti.
  6. Kreteria Penilaian adalah patokan yang digunakan sebagai ukuran atau tolok ukur ketercapaian pembelajaran dalam penilaian berdasarkan indikator-indikator yang telah ditetapkan. Kreteria penilaian merupakan pedoman bagi penilai agar penilaian konsisten dan tidak bias. Kreteria dapat berupa kuantitatif ataupun kualitatif.
  7. Bentuk penilaian: tes dan non-tes.
  8. Bentuk pembelajaran: Kuliah, Responsi, Tutorial, Seminar atau yang setara, Praktikum, Praktik Studio, Praktik Bengkel, Praktik Lapangan, Penelitian, Pengabdian Kepada Masyarakat dan/atau bentuk pembelajaran lain yang setara.
  9. Metode Pembelajaran: Small Group Discussion, Role-Play & Simulation, Discovery Learning, Self-Directed Learning, Cooperative Learning, Collaborative Learning, Contextual Learning, Project Based Learning, dan metode lainnya yg setara.
  10. Materi Pembelajaran adalah rincian atau uraian dari bahan kajian yg dapat disajikan dalam bentuk beberapa pokok dan sub-pokok bahasan.
  11. Bobot penilaian adalah prosentasi penilaian terhadap setiap pencapaian sub-PO yang besarnya proposional dengan tingkat kesulitan pencapaian sub-PO tsb., dan totalnya 100%.
  12. TM=Tatap Muka, PT=Penugasan terstruktur, BM=Belajar mandiri.