Course Bioinformatika

Deskripsi Mata Kuliah

Mata kuliah Bioinformatika membekali mahasiswa S2 Kimia dengan pengetahuan dan keterampilan dasar untuk merumuskan, menjalankan, mengevaluasi, mendokumentasikan, dan mengomunikasikan analisis dasar bioinformatika. Materi mata kuliah mencakup literasi data, penelusuran basis data publik, analisis kesamaan dan penjajaran sekuens, anotasi fungsi protein, perancangan primer, analisis struktur dan sifat fisikokimia biomolekul, pengenalan analisis interaksi molekuler, serta pengenalan analisis data omik. Pembelajaran dilaksanakan melalui studi kasus, praktik komputasional terbimbing, diskusi kritis, penugasan individual, pembelajaran kolaboratif, presentasi, dan proyek kelompok berbasis data publik. Mahasiswa diwajibkan mendokumentasikan sumber data, nomor akses, tanggal akses, parameter analisis, keluaran, interpretasi, keterbatasan, dan keterulangan setiap tahap analisis.

CPMK

Mampu menjelaskan konsep dasar bioinformatika, tipe data, prinsip metode, mutu data, etika, dan reproduksibilitas

Mampu menemukan, memilih, mengambil, memeriksa, dan mendokumentasikan data yang relevan
Mampu menjalankan dan menafsirkan analisis sekuens, fungsi, struktur, sifat fisikokimia, dan data omik

Aktifitas Pembelajaran

Pertemuan 1
Dasar-dasar bioinformatika,perkembangan dan perannya
Date 5 September 2023
Pertemuan 2
Prinsip literasi data relevan, format data, mutu data, etika, dan reproduksibilitas analisis.
Date 12 September 2023

Pertemuan 3

Menelusuri, memilih, mengambil, dan mendokumentasikan data nukleotida, protein, struktur biomolekul, dan senyawa dari basis data publik.

Date 19 September 2023

Pertemuan 4
Melakukan pencarian kesamaan sekuens menggunakan BLAST dan mengevaluasi mutu hasilnya.
Date 26 September 2023
Pertemuan 5
Melakukan penjajaran sekuens ganda serta mengidentifikasi residu atau daerah yang konservatif dan variabel.
Date 3 Oktober 2023
Pertemuan 6
Melakukan anotasi fungsi protein berdasarkan informasi domain, motif, keluarga protein, dan situs fungsional.
Date 10 Oktober 2023
Pertemuan 7
Merancang dan mengevaluasi primer secara in silico menggunakan server berbasis web.
Date 17 Oktober 2023

Pertemuan 8

Konsep dasar, penelusuran data, analisis sekuens, anotasi fungsi, dan desain primer untuk menyelesaikan kasus bioinformatika sederhana.

Date 24 Oktober 2023

Pertemuan 9
Struktur protein eksperimental dan prediktif serta menghubungkan struktur dengan fungsi biomolekul.
Date 31 Oktober 2023
Pertemuan 10
Menganalisis sifat fisikokimia, sinyal, lokasi, dan topologi protein menggunakan perangkat berbasis web.
Date 7 November 2023
Pertemuan 11
Prinsip dasar analisis interaksi biomolekul dan analisis data omik berbasis web serta mengevaluasi keterbatasannya
Date 14 November 2023
Pertemuan 12
Merumuskan pertanyaan penelitian dan menyusun proposal mini-proyek bioinformatika berbasis web.
Date 21 November 2023
Pertemuan 13
Memperoleh, memeriksa, menyeleksi, dan mendokumentasikan data proyek serta menjalankan tahap awal analisis.
Date 28 November 2023
Pertemuan 14
Melaksanakan analisis utama proyek dan mengintegrasikan keluaran dari beberapa perangkat bioinformatika.
Date 5 Desember 2023
Pertemuan 15
Menyusun laporan akhir proyek yang sistematis, kritis, proporsional, dan dapat direproduksi
Date 12 Desember 2023
Pertemuan 16
Mempresentasikan, mendemonstrasikan, mempertahankan, dan mengevaluasi hasil proyek bioinformatika
Date 19 Desember 2023